5月下旬开始，蒋介石和周恩来率领教导团班师回穗，平定滇桂军阀杨希闵、刘震寰妄图夺取广东革命政权的武装叛乱，消灭了这些祸粤经年、拥兵数万的叛军，巩固了大革命的策源地。7月，在中共的倡导下，国民党改组了大元帅制的军政府，成立了委员制的国民政府。不久国民政府军事委员会下令整编国民革命军。黄埔军校学生军改编为国民革命军第1军，蒋介石任军长，汪精卫任党代表，周恩来任副党代表兼政治部主任。
1925年秋天，陈炯明得到帝国主义和国内反动势力的大力支持，乘东征军回师广州之机，死灰复燃，卷土重来，再度占据了整个东江地区。他还约同南路的军阀邓本殷一致行动，夹击广州，阴谋颠覆国民政府。
国民政府为打倒军阀、统一广东，作出了出兵东江和南路的决策。9月底，以蒋介石为总指挥、周恩来为总政治部主任的东征军3个纵队4万人，开始了二次东征。
